Dari pernyataan tersebut yang merupakan lembaga negara di tingkat pusat ditunjukkan oleh nomor

Dari segi hierarki, lembaga negara dapat dibedakan ke dalam tiga lapis yakni lapis pertama dapat disebut Lembaga Tinggi Negara, lapis kedua dapat disebut Lembaga Negara saja dan lapis ketiga merupakan lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari regulator atau pembentuk peraturan di bawah undang-undang.[3]

Lembaga Tinggi Negara

Artikel utama: Lembaga Tinggi Negara

Lembaga yang termasuk dalam Lembaga Tinggi Negara adalah:

• Presiden dan Wakil Presiden;
• Dewan Perwakilan Rakyat (DPR);
• Dewan Perwakilan Daerah (DPD);
• Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR);
• Mahkamah Konstitusi (MK);
• Mahkamah Agung (MA);
• Komisi Yudisial (KY); dan
• Badan Pemeriksa Keuangan (BPK).

Lembaga Negara

Lembaga negara yang masuk dalam lapis kedua yang disebutkan dalam UUD 1945:

• Duta dan Konsul (Pasal 13 Ayat 2)
• Suatu dewan pertimbangan yang bertugas memberikan nasihat dan pertimbangan kepada Presiden, yang selanjutnya diatur dalam undang-undang (Pasal 16) - Dahulu Dewan Pertimbangan Agung (dihapus saat amendemen) sekarang Dewan Pertimbangan Presiden
• Menteri Negara (Pasal 17)
  • Menteri Dalam Negeri, Menteri Luar Negeri, Menteri Pertahanan disebutkan secara eksplisit dalam UUD 1945 (Pasal 8 Ayat 3)
• Komisi pemilihan umum yang bersifat nasional, tetap, dan mandiri, yang diatur lebih lanjut dalam undang-undang - Komisi Pemilihan Umum (Pasal 22E Ayat 5)
• Bank Sentral yang susunan, kedudukan, kewenangan, tanggungjawab dan independensinya diatur lebih lanjut dengan undang-undang - Bank Indonesia (Pasal 23D)
• Tentara Nasional Indonesia (Pasal 30 Ayat 3)
  • Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara disebutkan secara eksplisit dalam UUD 1945 (Pasal 10)
• Kepolisian Negara Republik Indonesia (Pasal 30 Ayat 4)

selain enam lembaga yang disebutkan dalam UUD di atas, terdapat juga lembaga lain yang disejajarkan dengan organisasi lapis ke dua yakni lembaga negara yang dibentuk dengan UU, yang disusun antara DPR dan Presiden. Lembaga ini dapat dibubarkan apabila UU atau pasal yang mengatur lembaga tersebut dibatalkan melalui judicial review di Mahkamah Konstitusi. Beberapa contoh lembaga ini yaitu:

• Kejaksaan Agung (UU 16 tahun 2004);
• Otoritas Jasa Keuangan (UU 21 tahun 2011);
• Lembaga Penjamin Simpanan (UU 24 tahun 2004);
• Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (UU 39 tahun 1999);
• Komisi Pemberantasan Korupsi (UU 20 tahun 2002);
• Komisi Penyiaran Indonesia (UU 30 tahun 2002);
• Komisi Pengawas Persaingan Usaha (UU 5 tahun 1999);
• Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (UU 27 tahun 2004) - dibatalkan Mahkamah Konstitusi;
• Komisi Perlindungan Anak Indonesia (UU 23 tahun 2002);
• Ombudsman Republik Indonesia (UU 37 tahun 2008); dan lain-lainnya.

Kelompok ketiga adalah organ konstitusi yang termasuk kategori lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari regulator atau pembentuk peraturan di bawah undang-undang. Artinya, keberadaannya secara hukum hanya didasarkan atas kebijakan presiden atau beleid presiden. Jika presiden hendak membubarkannya lagi, maka tentu presiden berwenang untuk itu. Artinya, keberadaannya sepenuhnya tergantung kepada beleid presiden. Contoh lembaga-lembaga ini yaitu:

• Badan Ekonomi Kreatif (Perpres 6 tahun 2015)
• Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan (Perpres 192 tahun 2014)
• Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah (Perpres 106 tahun 2007)
• Lembaga Ketahanan Nasional (Perpres 67 tahun 2016); dan lain-lainnya.

Penataan Lembaga Negara [4]

• Kementerian Negara

Artikel utama: Kementerian Indonesia

Berdasarkan Pasal 17 UUD 1945, Presiden sebagai pemegang kekuasaan pemerintahan dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh menteri-menteri. Keberadaan menteri-menteri tersebut telah diatur secara jelas dan tegas dalam sebuah payung hukum Undang-Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara. Menteri-menteri tersebut mempunyai tugas untuk melaksanakan urusan tertentu dalam pemerintahan sehingga dapat diartikan bahwa semua fungsi pemerintahan sudah terbagi habis dalam tugas Kementerian. Saat ini, terdapat 34 (tiga puluh empat) Kementerian yang membidangi urusan tertentu dalam pemerintahan.

• Lembaga Pemerintah Non Kementerian

Artikel utama: Lembaga Pemerintah Non Kementerian

Selain itu, untuk mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi tertentu di bidang pemerintahan, Presiden dengan mengacu kepada kewenangannya berdasarkan Pasal 4 UUD 1945, juga membentuk Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) yang merupakan special agency yang melaksanakan tugas dan fungsi spesifik tertentu dalam rangka mendukung kebijakan pemerintah yang dilaksanakan oleh Kementerian. Saat ini telah dibentuk dua puluh tujuh Lembaga Pemerintah Non Kementerian. Selain itu, terdapat 6 (enam) dipimpin oleh pejabat setingkat menteri, yakni Kepolisian Negara Republik Indonesia, Sekretariat Kabinet, Kejaksaan Agung, Tentara Nasional Indonesia, Badan Intelijen Negara dan Badan Siber dan Sandi Negara. Jumlah pejabat setingkat menteri ditentukan oleh Presiden saat pembentukan Kabinet.

• Lembaga Non Struktural

Artikel utama: Lembaga Non Struktural

Di luar Kementerian Negara, LPNK, dan lembaga yang dipimpin Pejabat setingkat Menteri tersebut, dalam praktik penyelenggaraan negara dan pemerintahan, juga terdapat lembaga-lembaga lain, yaitu Lembaga Non Struktural (LNS) sebagai perwujudan partisipasi masyarakat dalam pemerintahan. LNS merupakan lembaga di luar struktur organisasi instansi pemerintah, yang bersifat independen serta memiliki otonomi dalam menjalankan mandatnya sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.

• Lembaga Penyiaran Publik

Artikel utama: Lembaga Penyiaran Publik

Untuk memberikan pelayanan penyiaran radio dan televisi juga telah dibentuk Lembaga Penyiaran Publik (LPP) berdasarkan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2002 tentang Penyiaran. LPP merupakan lembaga penyiaran yang berbentuk badan hukum yang didirikan oleh negara, bersifat independen, netral, tidak komersial, dan berfungsi memberikan layanan untuk kepentingan masyarakat. LPP yang ada di tingkat negara yaitu LPP Televisi Republik Indonesia dan LPP Radio Republik Indonesia.

• Lembaga Struktural di Bawah Kementerian Negara

Lembaga ini dibentuk melalui Undang-Undang akan tetapi secara struktural bertanggungjawab kepada Menteri yang bertanggungjawab diurusan tertentu.

• Badan Pengawas Pasar Modal dan Lembaga Keuangan (di bawah Kementerian Keuangan); dialihkan ke Otoritas Jasa Keuangan
• Badan Pengawas Perdagangan Berjangka Komoditi (di bawah Kementerian Perdagangan)
• Badan Regulasi Telekomunikasi Indonesia (UU 39 1999, di bawah Kementerian Komunikasi dan Informatika)
• Badan Pengatur Jalan Tol (UU 38 tahun 2004, dibawah Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat)

Lembaga Daerah

Di samping itu, ada pula lembaga-lembaga daerah yang diatur dalam Bab VI UUD 1945 tentang Pemerintah Daerah. Dalam ketentuan tersebut diatur adanya beberapa organ jabatan yang dapat disebut sebagai organ daerah atau lembaga daerah yang merupakan lembaga negara yang terdapat di daerah. Lembaga-lembaga daerah itu adalah:

• Pemerintahan Daerah Provinsi (terdiri atas Gubemur & DPRD Provinsi);
• Pemerintahan Daerah Kabupaten (terdiri atas Bupati & DPRD Kabupaten); dan
• Pemerintahan Daerah Kota (terdiri atas Wali kota & DPRD Kota);

Lembaga di tingkat daerah disebut lembaga daerah yang dapat dibedakan pula, yaitu:

1. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan UUD, UU, Peraturan Pemerintah atau Peraturan Presiden yang pengangkatan anggota dilakukan dengan Keputusan Presiden; Contoh: Badan Pelaksana Pengelola Masjid Istiqlal, Badan Pengembangan Wilayah Surabaya-Madura, Badan Penanggulangan Lumpur Sidoarjo, Otorita Batam, dan lainnya.[butuh rujukan]
2. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan tingkat pusat atau Peraturan Daerah Provinsi dan pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan Keputusan Presiden atau Pejabat Pusat; Contoh: Sekretaris Daerah.[butuh rujukan]
3. Lembaga daerah yang kewenangannya diatur dalam Peraturan Daerah Provinsi dan pengangkatan anggotanya dilakukan dengan Keputusan Gubernur;
4. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan Keputusan Gubernur;
5. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan Keputusan Bupati atau Wali kota;
6. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten/Kota yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan Keputusan Bupati atau Wali kota; dan
7. Lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan Peraturan Bupati atau Wali kota yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan Keputusan Bupati atau Wali kota.[5]

• Lembaga Tinggi Negara
  • Perdana Menteri
  • Dewan Pertimbangan Agung
• Kementerian / Departemen Negara
  • Departemen Penerangan
• Lembaga Pemerintah Non Kementerian / Departemen
  • Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata
  • Lembaga Informasi Nasional
• Lembaga Non Struktural
  • Badan Penyehatan Perbankan Nasional
  • Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi untuk Aceh dan Nias
  • Unit Kerja Presiden untuk Pengelolaan Program Kebijakan dan Reformasi
• Lembaga Struktural di Bawah Kementerian / Departemen Negara
  • Badan Akuntansi Keuangan Negara (di bawah Departemen Keuangan)

• Daftar Susunan Organisasi Lembaga Negara

1. ^ Jimly Asshiddiqie (2006): Perkembangan dan Konsolidasi Lembaga Negara Pasca Reformasi hal. 41
2. ^ Jimly Asshiddiqie (2006): Perkembangan dan Konsolidasi Lembaga Negara Pasca Reformasi hal. 49-51
3. ^ Jimly Asshiddiqie (2006): Perkembangan dan Konsolidasi Lembaga Negara Pasca Reformasi hal. 105-107
4. ^ "Perlu Undang-Undang Penataan Kelembagaan"
5. ^ Jimly Asshiddiqie (2006): Perkembangan dan Konsolidasi Lembaga Negara Pasca Reformasi hal. 53