Apa itu pneumonia Malaysia?

Highlight

• Pengangkut bakteri di saluran pernapasan bagian atas di Malaysia kurang dipahami

• Klebsiella pneumoniae adalah bakteri yang paling umum diisolasi

• 33. 8% isolat resisten terhadap setidaknya satu antibiotik

pengantar

Infeksi saluran pernapasan bawah, termasuk pneumonia, merupakan penyebab kematian keenam di semua usia secara global, dan penyebab utama kematian pada anak usia 4 tahun ke bawah [1]. Di Malaysia, pneumonia merupakan penyebab kematian kedua tertinggi di semua usia pada tahun 2017 [2]. Pneumonia yang didapat masyarakat (CAP) dikaitkan dengan 4. Tingkat kematian 2% [3], yang lebih rendah dari angka yang dipublikasikan di negara-negara Barat (7. 7–12%) [4, 5]. Hal ini mungkin karena pelaporan yang kurang ketat di Malaysia dan oleh karena itu perkiraan kematian yang terlalu rendah

Sementara banyak penelitian menentukan etiologi pneumonia di negara-negara Barat, epidemiologinya di Malaysia kurang dipahami. Secara global S. pneumoniae dilaporkan sebagai penyebab paling umum dari pneumonia bakteri [6]. Vaksin konjugasi pneumokokus (PCV) menawarkan perlindungan terhadap serotipe S. pneumoniae paling sering dikaitkan dengan penyakit atau resistensi antimikroba (AMR), dan termasuk dalam program imunisasi nasional (NIP) dari 144 negara di seluruh dunia [7]. Hingga Juni 2020, Malaysia, Thailand, Sri Lanka, China, dan Vietnam belum memasukkan PCV ke dalam NIP mereka [8]; . Jenis vaksin PCV (VT) 19F, 14, 6B, 1 dan 19A adalah penyebab utama penyakit pneumokokus invasif (IPD) di Malaysia, sedangkan 19F, 23F, 14, 6B, 1 dan 3 adalah penyebab paling umum di Asia Tenggara [10], oleh karena itu implementasi PCV kemungkinan bermanfaat untuk pengurangan IPD dan penyakit lain termasuk pneumonia pneumokokus

Selain S. pneumoniae, patogen 'ESKAPE' yang resistan terhadap banyak obat seperti K. pneumoniae telah dilaporkan sebagai organisme penyebab umum CAP [11, 12]. Berbeda dengan negara-negara Barat, studi dari Asia menunjukkan K. pneumoniae adalah penyebab pneumonia yang lebih menonjol daripada S. pneumonia dan H. influenzae, [13,14,15] dengan data dari Malaysia menunjukkan K. pneumoniae menjadi penyebab paling menonjol [16]. Seperti S. pneumoniae, Organisasi Kesehatan Dunia menganggap K. pneumoniae patogen AMR prioritas yang membutuhkan kontrol. Namun strategi pencegahan terhalang oleh tingginya tingkat keragaman strain [17]. K. pneumoniae oleh karena itu merupakan patogen yang memprihatinkan. Sementara saat ini belum ada vaksin untuk K. pneumoniae, penyakit akibat H. influenzae tipe b (Hib) telah berhasil direduksi melalui penerapan vaksin Hib. Meskipun implementasi vaksin Hib dan cakupan yang tinggi di Malaysia [18], H. influenzae (termasuk Hib) masih menjadi sumber utama penyakit seperti pneumonia dan penyebab utama meningitis [16, 19]

Karier merupakan prasyarat untuk penyakit [20], kami berusaha untuk meningkatkan pemahaman kami tentang prevalensi gerbong dan profil AMR dari patogen saluran pernapasan atas (URT) yang umum di Malaysia, khususnya yang terkait dengan pneumonia. Hal ini dilakukan dengan melakukan studi gerbong berbasis populasi. Secara khusus, kami berharap untuk menyelidiki bagian populasi Malaysia yang kurang dipelajari (komunitas pedesaan Sarawak)

Metode

Situs studi

Sarawak, Sabah dan Labuan terdiri dari Malaysia Timur; . Sarawak adalah negara bagian terbesar di Malaysia. Populasinya terdiri dari lebih dari 40 subkelompok etnis; . Banyak komunitas asli hidup menurut tradisi suku, bertempat tinggal di desa-desa yang terdiri dari rumah-rumah panjang, dengan bertani sebagai pekerjaan umum. Komunitas semacam itu dapat diisolasi karena lokasinya, membatasi akses ke obat-obatan modern dan layanan kesehatan. Namun, semakin umum bagi beberapa penduduk untuk bepergian, dengan beberapa tinggal di kota besar selama minggu kerja atau lebih, untuk bekerja dan belajar. Ini menawarkan akses yang lebih baik ke layanan kesehatan. Selain itu, inisiatif kesehatan pemerintah seperti dokter terbang bulanan dan Komuniti Sihat Pembina Negara (KOSPEN) meningkatkan kesehatan masyarakat di komunitas tersebut dengan meningkatkan akses ke profesional medis dan meningkatkan kesadaran melalui penggunaan relawan kesehatan masyarakat.

Lima komunitas pedesaan dijadikan sampel (Gambar. 1); . Meskipun hanya berjarak 30-40 km dari kota Bintulu, perjalanan ke Rumah Numpang memerlukan perjalanan longboat selama 20–30 min menyusuri sungai Sungai Pandan dan Sungai Sujan untuk mencapai masyarakat terpencil di lahan terbuka di hutan. Rumah Bana, komunitas yang makmur, tidak terlalu terisolasi terletak 20-30 km dari kota Bintulu di luar jalan utama dari kota Sebauh. Komunitas yang tersisa (Long Kerangan, Ba Marong dan Long Nen) sangat terisolasi, berlokasi di Ulu Baram, Miri, Sarawak. Long Kerangan adalah komunitas rumah panjang yang sangat kekurangan, terisolasi dan miskin, terletak 80 km dari Long Lama (kota terdekat dan penyedia layanan kesehatan) di tengah lahan hutan. Ba Marong adalah komunitas rumah panjang yang lebih terpencil, terletak di tengah hutan lebat 157 km dari Long Lama. Perjalanan ke lokasi ini membutuhkan truk dengan penggerak empat roda karena medan yang berat dan kurangnya jalan raya. Long Nen, sebuah desa daripada komunitas rumah panjang, terletak di dalam hutan lebat 99 km dari Long Lama. Masyarakat pedesaan yang dijadikan sampel sebagai bagian dari penelitian ini mencakup gaya hidup suku yang berbeda dan termasuk orang-orang dari etnis Iban, Kelabit, Kenyah dan Penan.

ara. 1

Peta situs rekrutmen. © Hak Cipta 2020. Multiplottr. com. Seluruh hak cipta. a Rumah Bana, Sebauh, Bintulu, Sarawak - Koordinat GPS 3. 142234, 113. 279135; . b Rumah Numpang, Sebauh, Bintulu, Sarawak - Koordinat GPS 3. 139950, 113. 418036; . c Long Kerangan, Ulu Baram, Miri, Sarawak - Koordinat GPS 3. 766312, 114. 841122; . d Ba Marong, Ulu Baram, Miri, Sarawak - Koordinat GPS 3. 680444, 115. 014777; . e Long Nen, Ulu Baram, Miri, Sarawak - Koordinat GPS 3. 679871, 114. 897062;

Gambar ukuran penuh

Pengerahan

Survei berbasis populasi tentang pembawa bakteri dilakukan pada peserta dari segala usia dari lima komunitas pedesaan di Sarawak, Malaysia selama April 2016. Komunitas pedesaan diidentifikasi oleh petugas kesehatan masyarakat setempat dan badan amal. Sebelum setiap survei, peneliti lokal mengirim surat ke/mendekati setiap sesepuh rumah panjang/pemimpin masyarakat untuk memberikan tinjauan studi dan meminta persetujuan tim untuk berkunjung. Peneliti mengunjungi masyarakat yang sesepuh/pemimpinnya memberikan persetujuan dan siapa saja yang hadir di setiap lokasi didekati dan diundang untuk berpartisipasi. Penerjemah dan petugas kesehatan masyarakat memfasilitasi perekrutan dan pengambilan sampel

Pengambilan sampel dan transportasi

Pengangkutan bakteri dari URT diambil sampelnya dengan mengambil swab seluruh mulut, hidung, orofaringeal (OP) dan nasofaring (NP) dari masing-masing peserta. Sampel NP pediatrik diambil menggunakan Transwab® Pernasal Amies berujung rayon dengan arang (Medical Wire and Equipment, Corsham, UK). Sampel NP dewasa dan semua sampel hidung dan OP diambil menggunakan penyeka Amies steril berujung viscose yang sesuai dengan arang (Deltalab, Chalgrove, UK). Setelah dikumpulkan, swab didinginkan jika memungkinkan sebelum diangkut oleh World Courier pada suhu sekitar ke University of Southampton, Inggris. Transportasi membutuhkan waktu 3-5 hari

Daftar pertanyaan

Peserta diminta untuk mengisi kuesioner yang meminta data demografis dasar. Orang tua/wali peserta anak bertanggung jawab atas pengisian kuesioner

Penilaian pembawa bakteri

Setibanya di laboratorium, masing-masing swab dibenamkan dan divortex dalam media penyimpanan susu skim, tripton, glukosa dan gliserin (STGG). Untuk setiap swab, 10 μL disepuh ke agar darah Columbia dengan darah kuda (CBA, Oxoid, UK), agar darah Columbia dengan darah kuda coklat (CHOC, Oxoid, UK), Agar Darah Columbia dengan Colisitin dan Asam Naladixic (CNA, Oxoid , UK), Columbia Agar dengan Chocolated Horse Blood dan Bacitracin (BACH, Oxoid, UK) dan Lysed GC Selective Agar (GC, Oxoid, UK). Pelat diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37 °C dalam 5% CO2 dan diperiksa keberadaan Moraxella catarrhalis, S. pneumoniae, H. influenzae, Neisseria meningitidis, Staphylococcus aureus dan K. pneumoniae. Untuk isolasi Pseudomonas aeruginosa, 10 μL disepuh ke Pseudomonas CFC Selective agar (CFC, Oxoid, UK) dan diinkubasi selama 24–48 jam pada suhu 37 °C. Identifikasi utama dari semua spesies bakteri adalah dengan morfologi koloni. Bakteri yang diminati kemudian dikonfirmasi (Metode Tambahan 1) dan isolat dibekukan pada suhu − 80 °C di STGG

Serotipe pneumokokus

S. pneumoniae diserotipe dengan reaksi aglutinasi slide menggunakan Neufeld S. kit antisera pneumoniae (Statens Serum Institute, Kopenhagen, Denmark)

Kerentanan antibiotik

Isolat bakteri diuji secara fenotip untuk resistensi antibiotik menggunakan agar MRSA dan cakram antibiotik dan/atau strip konsentrasi hambat minimum (MIC), sesuai dengan EUCAST (Metode Tambahan 1)

Prevalensi pengangkutan

Prevalensi keretakan dihitung sebagai persentase dengan membagi jumlah bakteri yang diisolasi dengan jumlah total peserta yang diusap. Ini dilakukan untuk setiap spesies bakteri menurut lokasi sampel anatomi dan kelompok umur. Pengangkutan yang benar, didefinisikan sebagai identifikasi spesies bakteri dalam spesimen apa pun dari peserta individu terlepas dari lokasi atau jumlah tempat pengangkutan per orang, juga ditentukan.

Analisis statistik

Uji eksak Fisher digunakan untuk menentukan signifikansi hubungan antara variabel independen dan dependen (mis. g. pembawa bakteri dan kelompok umur). Nilai p dari 0. 05 digunakan sebagai ambang batas yang signifikan. Semua analisis data dilakukan dengan menggunakan GraphPad Prism versi 7. 03 untuk Windows (Perangkat Lunak GraphPad, San Diego, CA, AS)

Hasil

Total 140 peserta direkrut dari lima komunitas. Dikelompokkan berdasarkan usia, 8. 6% (n = 12) peserta berusia 0–4 tahun, 20. 0% (n = 28) berusia 5–17 tahun, 70. 7% (n = 99) berusia 18 tahun ke atas dan 0. 7% (n = 1) tidak diketahui usianya. 44. 3% (n = 62) peserta adalah laki-laki dan 54. 3% (n = 76) adalah perempuan, sementara 1. 4% (n = 2) peserta tidak memberikan jenis kelamin mereka. Mengenai etnis, 58. 6% (n = 82) peserta adalah Iban, 0. 7% (n = 1) Kelabit, 0. 7% (n = 1) Kenyah, 39. 3% (n = 55) peserta Penan dan 0. 7% (n = 1) tidak mencantumkan suku. Semua 140 peserta memberikan sampel usap mulut dan hidung; . 6% (n = 131) memberikan NP dan 92. 1% (n = 129) menyediakan sampel swab OP

Prevalensi pembawa bakteri ditentukan oleh situs sampel anatomi (Gambar. 2). Organisme yang paling sering diisolasi dari orofaring dan mulut adalah K. pneumoniae dengan prevalensi karier 27. 1% (95CI. 19. 7–35. 74%; . 9% (95CI. 7. 8–19. 6%; . Namun untuk nasofaring dan hidung, S. aureus paling banyak terjadi pada usia 13 tahun. 7% (95CI. 8. 4–20. 8%; . 1% (95CI. 7. 2–18. 7%; . Semua spesies lain yang diminati menunjukkan tingkat pengangkutan yang jauh lebih rendah di setiap lokasi anatomi yang diambil sampelnya. Pengangkutan yang sebenarnya juga ditentukan (Gbr. 3). K. pneumoniae adalah bakteri yang paling umum dengan prevalensi sebenarnya dari 30. 0% (95CI. 22. 6–38. 3%; . aureus pada usia 20. 7% (95CI. 14. 3–28. 4%; . pneumonia pada 10. 7% (95CI. 6. 1–17. 1%; . influenza pada 9. 3% (95CI. 5. 0–15. 4%; . katarak pada 6. 4% (95CI. 3. 0–11. 9%; . aeruginosa pada 6. 4% (95CI. 3. 0–11. 9%; . meningitis pada 5. 0% (95CI. 2. 0–10. 0%;

ara. 2

Prevalensi pembawa bakteri di setiap lokasi sampel anatomi. Prevalensi bar plot menunjukkan pengangkutan bakteri oleh lokasi sampel anatomi pada peserta yang direkrut dari komunitas pedesaan di Sarawak, Malaysia pada April 2016. Bilah kesalahan menunjukkan kesalahan standar

Gambar ukuran penuh

ara. 3

Pengangkut bakteri sejati dari setiap bakteri berdasarkan kelompok umur. Plot batang prevalensi menunjukkan prevalensi pembawaan bakteri sebenarnya berdasarkan usia pada peserta yang direkrut dari komunitas pedesaan di Sarawak, Malaysia pada April 2016. Pengangkutan yang sebenarnya didefinisikan sebagai setidaknya satu peristiwa pengangkutan yang diamati terlepas dari tempat isolasi atau jumlah tempat dari mana bakteri itu ditemukan. Bilah kesalahan menunjukkan kesalahan standar

Gambar ukuran penuh

Ketika kelompok umur dipertimbangkan, S. pneumoniae dibawa secara signifikan lebih banyak pada anak usia 0–4 tahun (P